Die Stellvertreterfunktion ist in manchen Bereichen von eminenter Bedeutung, beispielsweise in Bezug auf den Papst, den man auch Stellvertreter Gottes auf Erden nennt, obwohl die selbstgewählte, von Papst Gelasius I. Ende des 5. Jahrhunderts eingeführte Formel Vicarius Iesu Christi lautet, also „Stellvertreter von Jesus Christus“. Ebenfalls eine religiöse Stellvertreterfunktion, wenn auch nicht auf oberster Ebene, nimmt der in der Form vicarius bereits erwähnte Vikar ein. Der Begriff bezeichnet den Stellvertreter eines Geistlichen, das kann in der katholischen Kirche ein Pfarrer, aber auch ein Bischof und sogar ein Kardinal sein: Kardinalvikar nennt man den Bischof von Rom, der als Stellvertreter des Papstes das Bistum Rom leitet. In der evangelischen Kirche ist das Vikariat hingegen eine Art Referendariat, denn Vikare sind hier junge Theologen in der praktischen Ausbildung nach dem ersten theologischen Examen.